בחלק הדרומי של שמורת הרי אילת המסלולים יפהפים, עשירים בצבע ובנופים עוצרי נשימה. באזור הזה גם כמה הרים גבוהים ומהר יואש יש תצפית יפה במיוחד על ארבע המדינות: ניתן לצפות בגבולות ישראל, מצרים, ירדן וערב הסעודית. את רוב המסלולים ניתן לבצע רק בג'יפים. עין נטפים נמצאת בשמורה הדרומית, וזהו מקור המים הטבעי היחיד באזור כולו. 

במסלול זה עוברים בדרב-אל-חאג' - זו הייתה דרך ממלוכית עתיקה אשר נסללה על ידי השלטון במצרים במאות ה-14 וה-15. הדרך חצתה את סיני וחיברה את ראשו של מפרץ סואץ אל מפרץ אילת. היא נועדה לשרת עולי רגל מוסלמים בדרכם למכה, מצפון אפריקה.